MIN 3 Deli Serdang berawal dari Madrasah TPA yang dikelola oleh masyarakat untuk tujuan belajar mengaji anak – anak yang kemudian diserahkan kepada Kementerian Agama Kabupaten Deli Serdang, dengan ukuran tanah +- 1.400m2 yang diserahkan pada tanggal 27 Mei 1988 oleh pengurus perguruan yaitu Bapak Adli atas nama masyarakat desa Beringin sebagai pihak pertama dengan saksi – saksi Bapak Jufri dan Bapak Musali dan diterima oleh pihak kedua Drs. Arifin Harahap (Kasi Kelembagaan Agama Islam) atas nama Kakan Depag Deli Serdang dengan sertifikat tanah dan bangunan serta diketahui oleh kepala desa Beringin Bapak Supratman, sejak awal berdirinya pertama masih MIN Medan Filial Beringin berdasarkan Keputusan Menteri Agama nomor 15 Tahun 1978 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Madrasah Ibtidaiyah Negeri dan diangkat Bapak Drs. Abd. Pahim Siregar sebagai Kepala MIN Medan Filial Beringin, kemudian tanggal 25 Nopember 1995 berdasarkan keputusan Menteri Agam Nomor 515A Tahun 1995 MIN Medan Filial Beringin Berubah Nomenklatur menjadi MIN Beringin sesuai dengan nota usul Kepala Bidang Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Kanwil Prov. Sumut nomor Wb/PP.00/nb/279/1992 tanggal 23 Desember 1992, kemudian tahun 2000 Bapak Drs. Abd. Pahim Siregar digantikan oleh Bapak Drs. Alilier Harahap, dan tahun 2002 dikeluarkannya NSM 111121029066, pada tahun 2005 MIN Beringin terakreditasi A dengan penandatangan sertifikat akreditasi atas nama kepala Drs. H. Z. Arifin, SH, pada tahun 2009 Bapak Drs. ALilier Harahap digantikan oleh Ibu Dra. Nuriansi Nisma dan MIN Beringin terakreditasi B dengan penandatangan sertifikat akreditasi atas nama Kepala Drs. H. Ng. Daeng Malewa, MM., pada tahun 2014 terakreditasi dengan peringkat B dengan nomor 1036/BAP-SM/PROVSU/LL/XI/2014, dengan penandatangan sertifikat akreditasi atas nama Kepala Drs. H. Ng. Daeng Malewa, MM., pada tahun 2016 Ibu Dra. Nuriansi digantikan oleh Bpak Muhammad Ali Usri Siregar, S. Pd. I, tahun 2016 MIN Beringin berganti nomenklatur menjadi MIN 3 Deli Serdang berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 679 Tahun 2016 tanggal 17 Nopember 2016, dan tahun 2018 berdasarkan Keputusan Menteri Agama nomor 206 Tahun 2018 tanggal 28 Maret 2018, tahun 2019 MIN 3 Deli Serdang terakreditasi A yang ditandatangani secara elektronik oleh Bapak Dr. Toni Toharuddin, M. Sc, tahun 2021 Bapak Muhammad Ali Usri Siregar, S. Pd. I digantikan oleh Bapak Drs. Alilier Harahap, MA, dan tahun 2022 Bapak Drs. Alilier Harahap, MA digantikan oleh Bapak Edi Sundowo, MA dan bertugas sampai sekarang.

Drs. Abd. Pahim Siregar (1988-2000)

Drs. Alilier Harahap (2000-2009)

Dra. Nuriansi Nisma (2009-2016)

Muhammad Ali Usri Siregar, S. Pd. I (2016-2021)
Drs. Alilier Harahap, MA (2021-2022)

Edi Sundowo, MA (2022- sekarang)